Fra 1948 til 1994 var Málaga Club de Fútbol kendt som Atlético Malagueño – et reservehold for Club Deportivo Málaga.
Efter konkurs fandt fusion sted i 1994, hvorefter Málaga CF arvede CD Málagas meritter, så historien byder på 21 sæsoner i La Liga og 29 i Segunda División – altså 2. division.
Samlet set fortæller historien, at Málagas bedste hold endvidere har været nede i amatørrækker efter konkursen.
Denne sæson bliver den 33. i La Liga for Málaga Club de Fútbol, der i 2002 vandt den daværende europæiske Inter Toto-turnering for herefter at nå frem til kvartfinalen i UEFA Cup-turneringen elimineret af portugisiske Boavista.
I 2013 strøg Málaga helt frem til kvartfinalen i Champions League, elimineret af tyske Dortmund i nogle dramatiske opgør. I turneringen sendte holdet så fornemme klubber som Anderlecht, Milan, Zenit og Porto ud.
Málagas oprykninger til La Liga fandt sted i henholdsvis 1998-99 og 2007-2008.
Klubben har vundet Trofeo Costa del Sol to gange.
Alle vundne trofæer for CD Málaga og Málaga CF findes i dag samlet i et kabinet på La Rosaleda stadion
Flere kendte trænere har gennem tiderne virket i Málaga:
Luis Urquiri, Spanien, 1948-49.
Ricardo Zamora, Spanien, 1949-51.
Antonio Barris, Spanien, 1951-52
Helenio Herrera, Argentina, 1952.
Luis Casas Pasarin, Spanien, 1953-61.
Sabino Barinaga, Spanien, 1961-63.
Zarraga, Spanien, 1964 og 1969.
Domenec Balmanya, Spanien, 1964-65
Ernesto Pons Forn, Spanien, 1966-67
Jeno Kalmar, Ungarn, 1970-72 og 1978-80
Marcel Dominco, Spanien, 1972-74
Milorad Pavic, Jugoslavien, 1975-77.
Sebastian Viberi, Argentina, 1978-80.
Antonio Benitez, Spanien, 1981-85, 1988-90 og 1994-95.
Ladislao Kubala, Ungarn, 1987-88.
Abdellah Ben Barak, Ægypten, 1990-1991
Joaquín Peiro, Spanien, 1998-2003
Juande Rámos, Spanien,2003-2004 (senere FC Sevilla, Tottenham og Real Madrid).
Gregorio Manzano, Spanien, tidligere Atlético Madrid og Mallorca, 2004-2005
Antonio Tapia, Spanien, 2005-2006 og 2008-2009
Juan Ramón Lópes Muniz, Spanien, 2006-2008 og 2009-2011. Fyret juli 2010
Jesualdo Ferreira, Portugal, 2010-fyret november 2010
Manuel Pellegrini, Chile, 2010-2013
Bernd Schuster, Tyskland, 2013-2014
Javi García, Spanien, 2014-2016
Juande Rámos, Spanien, 2016-2017
Marcelo Romero, Uruguay, 2017 (fyret i marts)
Míchel, Spanien, 2017 – 2018 (fyret i januar 2018)
Jose Gonzalez, Spanien, 2018 – 2018
Juan Ramon Muñiz 2018 – 2020 (fyret i april 2019).
Victor Sanchez Del Amo 2019 – 2020 (fyret januar 2020).
Sergio Pellicer 2020.
